En 1936, l’entreprise occupe la première place parmi les constructeurs automobiles nationaux et des réactions positives arrivent d’autres pays. Avec l’arrivée de la Seconde Guerre mondiale et de l’occupation, la production se concentre sur les besoins de l’Allemagne. L’usine est bombardée vers la fin de la guerre.
ŠKODA se classe deuxième au Rallye Monte-Carlo avec la POPULAR SPORT, un modèle connu plus tard sous le nom de Monte-Carlo. La POPULAR continue de gagner des rallyes en Afrique, dans les Balkans et en Uruguay. La gamme de modèles s’élargit pour inclure le modèle de taille moyenne ŠKODA FAVORIT.
Lancement de la ŠKODA POPULAR 995. Cette «ŠKODA pour le peuple» («ŠKODA pro lid» en tchèque) est surnommée «Liduška», un prénom de fille reflétant le mot «lidový» («du peuple»). La production civile est mise de côté lorsque la Seconde Guerre mondiale éclate. L’ensemble du groupe est désormais contrôlé par Reichswerke Hermann Göring AG.
L’industrie automobile se tourne vers la production de guerre. En plus des composants d’armes, elle produit alors principalement divers types de chariots de livraison, des véhicules à traction intégrale et le tracteur lourd RSO.
Les premières voitures ŠKODA POPULAR modernisées quittent l’usine de Mladá Boleslav, gravement endommagée. L’économie d’État est contrôlée par le régime socialiste - le printemps 1945 voit la nationalisation de grandes entreprises, dont les usines ŠKODA de Pilsen et ASAP de Mladá Boleslav.