En avril 1996, le tout nouveau modèle, la ŠKODA OCTAVIA, est présenté. Trois ans plus tard vient la ŠKODA FABIA. En 2001, une nouvelle berline de luxe pour la classe moyenne supérieure est introduite: la ŠKODA SUPERB. Les sites de production sont construits en Russie, en Chine et en Inde.
À Mladá Boleslav, la production du millionième véhicule ŠKODA depuis la création de l’entreprise commune avec VW est lancée. La ŠKODA OCTAVIA est présentée. Cette deuxième série de production de la marque ouvre la voie au succès de l’entreprise dans les années à venir.
Pour la première fois, ŠKODA produit plus de 400’000 véhicules par an, qui sont exportés dans 70 pays.
ŠKODA entre dans la catégorie du sport automobile World Rally Car (WRC). Au salon de l’automobile de Francfort, la toute nouvelle ŠKODA FABIA est présentée, et un an plus tard, elle est complétée par la FABIA COMBI.
ŠKODA fonde à Mladá Boleslav la première université gérée par une entreprise en République tchèque: la ŠKODA AUTO University.
La ŠKODA OCTAVIA RS est alors le véhicule de série le plus rapide de la marque. Sous le nom traditionnel de SUPERB, ŠKODA présente un nouveau modèle de luxe et renoue avec la série de production historique des classes supérieures de 1934 à 1949. À Aurangabad, en Inde, ŠKODA ouvre sa première usine hors d’Europe.
La FABIA WRC est présentée en première mondiale au Salon de l’automobile de Genève.